离子交换色谱是蛋白纯化技术中常用的一种纯化方法，其原理是指被分离物质所带的电荷可与离子交换剂所带的相反电荷结合，这种带电分子与固定相之间的结合作用是可逆的，在改变pH或者用逐渐增加离子强度的缓冲液洗脱时，离子交换剂上结合的物质可与洗脱液中的离子发生交换而被洗脱到溶液中。由于不同物质的电荷不同，其与离子交换剂的结合能力也不同，所以被洗脱到溶液中的顺序也不同，从而被分离出来。
离子交换色谱柱通用有三种清洗方式，分别用于清洗酸溶性、碱溶性或有机污染物，在清洗过程中必须要确保严格按照清洗过程进行，否则会引起色谱柱的局部高压而损坏色谱柱。对于有机溶剂清洗色谱柱，需要逐步减少有机溶剂的量以避免由于混合的流动相黏度的变化。
离子交换色谱柱的清洗过程：
1、配制500mL合适的清洗溶液;
2、断开抑制器中，分别清洗保护住和分离柱，如果分离柱和保护住串联清洗，则将保护柱接在分离柱之后;
3、设置流速对2mm色谱柱采用0.5ml/min，而对4mm色谱柱采用2ml/min
4、用二次去离子水冲洗色谱柱15min;
5、用清洗液清洗色谱柱60min;
6、用二次去离子水冲洗色谱柱15min;
7、连接抑制器，用淋洗液平衡色谱柱。
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