离子色谱柱不能用纯水长时间冲洗。以下是具体原因的分析：
硅胶基质的溶解性：
大多数离子色谱柱的材质以硅胶为基质，硅胶在纯水中的溶解度会比在含有有机溶剂的流动相中要大得多。长时间使用纯水冲洗会导致离子色谱柱中的硅胶材质溶解，从而造成固定相流失，影响柱效。
C18长链的相互作用：
对于常规的C18柱，C18长链与水是不互溶的，且C18长链之间的相互作用力大于C18与水分子的作用力。长时间用水冲洗会使C18长链之间相互靠近，并在硅胶基质表面倒伏，导致对疏水性物质的保留能力下降，即相塌陷。
缓冲盐的清洗：
如果离子色谱柱之前使用过含缓冲盐的流动相，用纯水冲洗并不能将缓冲盐完全洗去。因为缓冲盐难溶于有机溶剂，而C18反相柱中的填料是在硅胶表面上接上C18长链，相当于一个疏水的有机相。纯水只能冲洗掉表面的缓冲盐，而渗入深处的缓冲盐则仍然残留在那里。
建议的冲洗方法：
在纯水中加入一定量的甲醇或乙腈进行冲洗。通常，水的含量小于90%不会对色谱柱造成任何影响。具体比例应根据分析时使用的流动相来确定。
对于只能溶解在纯水中的样品，有些企业推出了适合做离子色谱柱冲洗的纯水柱，这种纯水柱可以用纯水作流动相而不会产生相塌陷。
综上所述，离子色谱柱不建议用纯水长时间冲洗，以避免对色谱柱造成损害。正确的冲洗方法是在水中加入一定量的有机溶剂，以确保色谱柱的性能和稳定性。
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