细菌在合成代谢过程中,除合成菌体自身成分外,还能合成一些其他的代谢产物，有热原质、毒素和侵袭性酶、色素、抗生素、细菌素以及维生素。其中有些在医学上有重要意义。
（1）热原质：大多数为革兰阴性菌合成的菌体脂多糖。注入人体或动物体内能引起发热反应，故称热原质。
注：热原质耐高温，121℃20min不被破坏，蒸馏法去除热原质较好。
（2）毒素和侵袭性酶：细菌产生毒素，包括内毒素和外毒素。
内毒素为革兰阴性菌的脂多糖。
外毒素是革兰阳性菌产生的蛋白质，毒性强且有高度的医学.教育.网收.集整理选择性。
侵袭性酶，如卵磷脂酶、透明质酸酶等。
（3）色素：有水溶性色素（铜绿假单胞菌的色素）和脂溶性色素（金黄色葡萄球菌的色素）。不同细菌产生不同的色素，在鉴别细菌上有一定意义。
（4）抗生素：是由某些微生物代谢过程中产生的、能抑制或杀死另一些微生物和癌细胞的微量生物活性医学.教育.网收.集整理物质。
注：抗生素大多数有放线菌和真菌产生，细菌只可以产生少数几种，如多粘菌素和杆菌肽等。
（5）细菌素：某些细菌菌株产生的一类具有抗菌作用的蛋白质，细菌素作用范围狭窄，仅对与产生该种细菌素的细菌有近缘关系的细菌才能起作用，如大肠菌素、绿脓菌素、变形菌素和弧菌素等。
（6）维生素:这里所指的维生素是指某些微生物在特定条件下合成并远远超过产生菌本身正常需要的那部分维生素。细菌能自行合成维生素，除供自身所需外，也能分泌至菌体外，例如人体肠道内的大肠埃希菌能合成维生素B、B、K等，供应人体需用;某些醋酸菌能过量合成各种霉菌不同程度地积累维生素B等。我们已经能够利用不同类型的微生物通过发酵合成医药上供临床应用的各种维生素。
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