许多染色剂基于多种化学反应，如酸碱化学、氧化还原反应或酶促反应。某些水中污染物可能会对这些反应和相互作用产生干扰，从而在染色的强度和特异性、条带的形成以及稳定性上影响染色的质量。此外，水质和污染物可能随季节和地理位置发生变化。
离子
离子（如钙和各种金属）会对多种染色剂（如银染色剂）产生干扰，许多染色剂（H&E染色剂、MGG染色剂中的Giemsa染色剂、阿尔新蓝染色剂）对pH值变化很敏感。使用离子浓度较低的纯水将有益于高质量、可复制的染色。
氯
自来水中常见的氯对于多种染色剂具有漂白作用，不应出现在制备试剂所用的水中。
细菌和颗粒物
细菌和颗粒物可能会附着在组织切片上，从而在胶片上产生条带。使用不含细菌和颗粒物的水也将有助于避免染色器、免疫组织化学(IHC)及荧光原位杂交(FISH)分析仪和一些组织处理器的试管内形成沉积物和生物膜，进而影响它们的功能。
有机化合物
有机化合物可能会成为细菌的养料或对某些荧光染料产生干扰，应控制在最低水平。
那么如何为组织病理学选择符合要求的用水呢？
选择离子浓度（电阻率>5MOhm·cm）、细菌浓度、颗粒物浓度和有机物浓度（低总有机碳）较低的稳定纯水源将有助于提高实验的可重复性。默克Milli-QIX纯水系统可稳定产出优质的纯水，帮助实验室工作者进行稳定、可重现组织染色。此外，系统完整的数据管理功能实现了完全的可追溯性，简化实验室的质量管理任务。
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